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Publié par | profil-zyak-2012 |
Publié le | 01 octobre 2005 |
Nombre de lectures | 40 |
Langue | Français |
Poids de l'ouvrage | 6 Mo |
Extrait
THESE
Présentée pour l’obtention du grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE LOUIS PASTEUR DE STRASBOURG
(Ecole doctorale des sciences chimiques moléculaires et supramoléculaires de Strasbourg)
par
Guillaume CHEVREUX
Etude des interactions moléculaires spécifiques par spectrométrie de
masse : application à la chimie du vivant
Soutenue le 25 octobre 2005 devant la commission d’examen :
Dr. Alain VAN DORSSELAER Directeur de thèse
Prof. Jacques HAIECH Rapporteur interne Jean-François MULLER Rapporteur externe
Dr. Bernard MONSARRAT
Dr. Michel ROBIN Examinateur
Dr. Noëlle POTIER Exam
« Il vaut mieux suivre le bon chemin en boitant que le mauvais d'un pas ferme. » (Saint Augustin)
REMERCIEMENTS
Ce travail de thèse a été réalisé au Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique de
Strasbourg, sous la direction de Mr. Alain Van Dorsselaer.
Je souhaite tout d’abord témoigner ma profonde reconnaissance à Alain Van Dorsselaer de m’avoir
accueilli dans son laboratoire et m’avoir permis de découvrir dans un cadre studieux et agréable la
spectrométrie de masse, la biologie et la recherche.
J’adresse mes profonds remerciements à Sanofi-Aventis pour le financement de cette thèse et plus
particulièrement à Mr. Michel Robin (l’initiateur de cette aventure) qui a apporté beaucoup d’énergie,
d’idées et de bonne humeur.
Je remercie sincèrement Noelle Potier de m’avoir patiemment guidé tout au long de ce travail,
encouragé dans les moments difficiles et surtout de l’amitié qu’elle m’a témoigné.
Ce travail étant le fruit de nombreuses collaborations, j’exprime mes remerciements à toutes les
personnes qui y ont contribué et plus particulièrement à Anne Houdusse pour son enthousiasme
communicatif.
Je remercie bien sûr amicalement toute l’équipe du LSMBO qui m’a elle aussi soutenu et avec qui j’ai
passé d’agréables moments.
Un grand merci à vous :
Laurent, Fabrice V et B, Hélène, Jonathan, Véro, Rosella, Steph, Claude, Sarah, Nathalie, Audrey,
Sébastien, Danièle, Haïko, Emmanuelle, Raymond, René, Christine C et S, François, Junior, Dominique D et
R, Dimitri, Cécile, Xiuli.
Enfin, un grand merci à mes proches :
A ma famille,
A mes voisins, les guillaume(s)
A Agathe
Plan général
PLAN GENERAL
INTRODUCTION GENERALE .......................................................... 11
Les objectifs de ce travail de thèse .................................................................... 13
INTRODUCTION, BIBLIOGRAPHIE ET MISE EN OEUVRE EXPERIMENTALE ... 15
CHAPITRE I : Introduction aux interactions moléculaires et à leurs techniques d’analyse ......... 17
CHAPITRE II : Théorie et appareillage ................................................................. 27
CHAPITRE III : Mise en œuvre expérimentale et méthodologie ...................................... 39
Références bibliographiques .............................................................................. 57
RESULTATS ............................................................................ 71
CHAPITRE I : Utilisation de la SM pour découvrir et développer de nouvelles molécules
à visée thérapeutique .................................................................... 73
CHAPITRE II : Etude de mécanismes biologiques impliquant des interactions moléculaires ........ 109
CHAPITRE III : Suivi de la dynamique d’échange dans le temps de complexes non-covalents .... 179
Références bibliographiques ............................................................................ 191
CONCLUSION GENERALE ........................................................... 197
PARTIE EXPERIMENTALE ........................................................... 203
- 1 -
- 2 - Plan détaillé
PLAN DETAILLE
INTRODUCTION GENERALE ........................................................... 11
Les objectifs de ce travail de thèse ..................................................................... 13
INTRODUCTION, BIBLIOGRAPHIE ET MISE EN OEUVRE EXPERIMENTALE ... 15
CHAPITRE I : Introduction aux interactions moléculaires et à leurs techniques d’analyse .......... 17
I. Les différents types d’interactions rencontrées dans des complexes biologiques non-covalents ... 17
1. Forces électrostatiques ............................................................................................................................ 17
1.1. Interactions ioniques ....................................................................................................................... 17
1.2. Interactions de Van der Waals ........................................................................................................ 18
1.2.1. Effet de Keesom (interactions dipôle-dipôle).......................................................................... 18
1.2.2. Effet d’induction de Debye (interactions dipôle-dipôle induit)................................................. 19
1.2.3. Effet de dispersion de London (interactions dipôle induit-dipôle induit).................................. 19
1.2.4. Energie et rayon de Van der Waals ………………………………………………………………. 20
2. Liaison hydrogène .................................................................................................................................... 20
3. Effet hydrophobe ...................................................................................................................................... 21
4. Le rôle des ponts disulfures dans les protéines : un renforcement de la structure tridimensionnelle ...... 21
5. Les interactions moléculaires sont dépendantes du milieu : importance pour la conformation
d’une protéine ............................................................................................................................................ 22
II. Les techniques d’analyse des interactions inter-moléculaires ............................................................. 22
1. Les techniques physiques actuelles ......................................................................................................... 22
1.1. Les méthodes spectroscopiques (UV, fluorescence) ...................................................................... 22
1.2. La microcalorimétrie ........................................................................................................................ 22
1.3. Le biacore ....................................................................................................................................... 23
1.4. La Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) ................................................................................. 24
1.5. La Diffraction des Rayons X (DRX) ................................................................................................ 24
2. La spectrométrie de masse électrospray : une nouvelle méthode d’analyse des complexes
non-covalents ............................................................................................................................................ 25
CHAPITRE II : Théorie et appareillage ................................................................. 27
I. La spectrométrie de masse électrospray : la technique d’ionisation de choix pour l’étude des
complexes non-covalents ......................................................................................................................... 27
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